依据我国《股票交易暂行条例》、《中华人民共和国证券法》、《上市公司收购管理办法》等相关法律的规定：收购人以协议转让方式收购上市公司的，应该在与上市公司股东达成协议后，通知上市公司，根据持股的比例，作出不同形式的信息披露，并申请股票停牌。若涉及的股权变动须取得主管部门批准的，应当获得批准。交易双方可以将拟转让股份的托管并存放收购资金，这样可以在很大程度上避免履行协议的风险。
协议收购的具体程序如下：
（二）征得被收购股权所有人或其代表的同意，以及向有关主管部门申请批准转让
依据《上市公司收购管理办法》的规定，涉及国家授权机构持有的股份的转让，或者须经行政审批方可进行的股份转让的，协议收购相关当事人应当在获得有关主管部门批准后，方可履行收购协议。所以，如果股权转让协议涉及国家股或者国有法人股，必须向相应的国有资产管理部门提出报告，申请批准。另外有些特殊股份的转让还必须征得有关主管部门的批准。例如，在转让股份为外资股的情况下，必须获得外资管理部门的批准；如果上市公司为金融类公司，那么还必须获得中国人们银行总行的批准。如果出让的股份为非国有性质，那么股份持有人即为其所有人，只需征得持股股东的同意即可。
（四）收购方以及目标公司必须履行的法定报告、公告义务
收购方以及目标公司在协议收购股权的过程中，双方签订收购协议以后必须履行法定的报告、公告义务，这实际上是信息披露制度在协议收购程序的要求。因为只有这样，才能切实消除上市公司收购中的信息垄断，防止内幕交易和证券欺诈行为的发生，从而真正保护所有投资者的合法权益。
1、收购方应当依法履行相应的报告、公告义务。收购方依法履行相应的报告、公告义务实际上是信息披露制度中关于收购协议和收购意图的披露。
2、目标公司的公告义务。这实际上是信息披露制度要求目标公司董事会对收购所持意见及理由进行披露。
目标公司依据《上市公司收购管理办法》的规定要做到以下几点：
（1）被收购公司收到收购人的通知后，其董事会应当及时就收购可能对公司产生的影响发表意见，并附上理由；意见书中必须注明董事会是否与收购者就此次协议收购或行使目标公司表决权事项达成任何合意或谅解等情况；持有目标公司股份的董事是否应此次收购而计划售出或不售出其股份。
（2）独立董事在参与形成董事会意见的同时还应当单独发表意见；
（3）被收购公司董事会认为有必要的，可以为公司聘请独立财务顾问等专业机构提供咨询意见。
（4）被收购公司董事会意见、独立董事意见和专业机构意见应当一并予以公告。
另外需要注意两点：
（1）如果是管理层、员工进行上市公司收购的，被收购公司的独立董事应当就收购可能对公司产生的影响发表意见。独立董事应当要求公司聘请独立财务顾问等专业机构提供咨询意见，咨询意见与独立董事意见一并予以公告；
（2）上市公司控股股东和其他实际控制人在转让其对一个上市公司的实际控制权时，未清偿其对公司的负债，未解除公司为其负债提供的担保，或者存在其损害公司利益的其他情形的，被收购公司董事会应当为公司聘请审计机构就有关事项进行专项核查并出具核查报告，要求该控股股东和其他实际控制人提出切实可行的解决方案，被收购公司董事会、独立董事应当就其解决方案是否切实可行分别发表意见。被收购公司应当将核查报告、解决方案与董事会和独立董事意见一并予以公告。
如果控股股东和其他实际控制人拒不提出解决方案的，董事会、独立董事应当采取充分有效的法律措施维护公司利益。
由于上市公司收购事宜的策划乃至确定，与信息披露的日期之间往往有一个较长的时间跨度，我国《证券法》等法律、法规规定，在有关信息披露之前，收购事项属于内幕信息，有关当事人必须严格保密，并不得进行内幕交易，违反法律义务者要承担相应的法律责任。
（五）协议收购双方履行收购协议，办理股权转让过户等相关手续
协议收购相关当事人完成上述程序之后，进入协议履行阶段。双方应当按照协议中约定的关于拟转让的股份的数量、价格、支付方式、履行期限等规定履行收购协议。
当事人还应当按照证券交易所和证券登记结算机构的业务规则和要求，申请办理股份转让和过户登记手续：
1、公告上市公司收购报告书后，相关当事人应当委托证券公司申请办理股份转让和过户登记手续；接受委托的证券公司应当向证券交易所和证券登记结算机构申请拟收购部分股份的暂停交易和临时保管；予以暂停交易和临时保管的，应当做出公告；
证券交易所可以根据证券市场管理的需要，做出被收购公司挂牌交易股票暂停交易的决定；证券交易所在收到股份转让申请后三个工作日内完成审核，对所申请的股份转让做出予以确认或者不予确认的决定。
2、证券交易所对所申请的股份转让予以确认的，由接受委托的证券公司代表转让双方向证券登记结算机构申请办理股份过户登记手续，受让人在过户登记手续完成后二个工作日内做出公告。
证券交易所不予确认的，接受委托的证券公司应当在收到证券交易所通知的当日，将不予确认的决定通知转让双方和被收购公司，并代表转让双方向证券登记结算机构申请解除对该部分股票的临时保管；出让人应当在获悉不予确认决定后二个工作日内做出公告；
3、股份转让过户登记手续完成后，由接受委托的证券公司代表受让人向证券登记结算机构申请解除该部分股票的临时保管，受让人在提出解除保管申请后的二个工作日内做出公告，该部分股票在证券交易所恢复交易。
